Shadow Empires oyuna yeni bir konsept getirdi - fraksiyonlar. Oyunun başlangıcında, oyuncular kendi halklarını ve ayrıca bir fraksiyonu seçerler. 5 fraksiyon var. Her fraksiyon oyuna haritada farklı bir konumda başlar:

Empire – merkez	Dynasty – güneydoğu
Rebels – kuzeybatı	Horde – doğu
Marauders – kuzey

Başlangıçta, belirli bir fraksiyonun yeni oyuncuları aynı bölgede oyuna başlayacak. Bölge dolduktan sonra, daha yeni oyuncular yakındaki başka bir bölgede görünmeye başlayacak ve bu böyle devam edecek. Artık harita merkezinden olan mesafeye veya bölgelere(quarters) bağlı değil.

Bölgeler

Fraksiyonlar sadece oyuncuların başlangıç pozisyonunu belirlemekle kalmaz, aynı zamanda oyuncular arasında yeni bir işbirliği seviyesi sunar.

Bölgeler artık bireysel birlikler tarafından değil, fraksiyonlar tarafından fethediliyor. Bölgeleri fethetmeye yardımcı olan hem fraksiyonlar hem de birlikler zafer puanı kazanır. Ancak bölgenin antik gücüne yalnızca bir birlik erişebilir. Daha fazla ayrıntı için bölgeler ve antik güçler hakkındaki makaleye bakın.

Oyuncular ve fraksiyondaki birlikler

Oyuncular, oyunun başında fraksiyonlarını seçerler ve bu seçimi değiştiremezler.

Birlik, bu birliği kuran oyuncunun fraksiyonuna aittir ve daha sonra değiştirilemez.

Ancak oyuncular istedikleri birliğe katılmakta özgürdür. Yani Asiler için oynamaya başlasanız bile, Horde'a veya başka herhangi bir fraksiyona ait bir birliğe katılabilirsiniz.